Zentraler Aspekt des Konzeptes ist der 6,3 Kilometer lange City-Tunnel (7,0km mit Rampen), der vom Hauptbahnhof die S 3 (Gleisdorf ↔ Graz ↔ Leibnitz) und S 4 (Lieboch ↔ Graz ↔ Wettmannstätten) unter Keplerstraße, Glacisstraße und Conrad-von-Hötzendorf führt und durch das Zentrum bis zum Ostbahnhof bringt. Für beide Linien soll zukünftig nicht länger am Hauptbahnhof Endstation sein. Mit einer durchgängigen Linienführung entstehen so auch weniger Verschubs-, Warte- und Rangierzeiten am Hauptbahnhof.

Bei Anfahrt aus dem neuen Grazer Stadtteil Reininghaus sind die Haltestellen im City-Tunnel: FH Joanneum, Hauptbahnhof, Lendplatz, Geidorfplatz, Jakominiplatz und Messe-Ostbahnhof. Dann geht es nach Ostbahnhof wieder an die Oberfläche und die S-Bahn kann am bestehenden Liniennetz die Oststeiermark und über neuen Mur Ost-Spange befahren. Mit sechs Haltestellen, können Fahrgäste ihre Wunschdestinationen schnell und angenehm erreichen.

Die Takt soll zwischen Seiersberg und Messe-Ostbahnhof soll in die Hauptverkehrszeiten 5-Minuten betragen. Anstatt Graz teuer und langwierig bergmännisch zu bauen soll 76% von der Tunnel mittels Deckelbauweise und Offene Bauweise gebaut werden. Durch die bewusste Konzipierung des Grazer City-Tunnels entlang bestehender Straßen kann größtenteils mit diesen Methoden gearbeitet werden und unnötige Kosten vermieden werden.